El gran problema de esta organización es que a pesar de que el Tratado para la prohibición Completa de los Ensayos Nucleares (TPCE) fue adoptado en 1996, todavía no ha entrado en vigor debido a las exigentes condiciones recogidas en su Anexo 2. Este anexo establece la obligación de que 44 Estados con capacidades nucleares sean parte del Tratado antes de que entre en vigor. En la actualidad de esos 44 faltan por ratificar o por firmar y ratificar 8: China, EEUU, Egipto, Irán, Israel (no han ratificado) e India, Pakistán y la República Democrática de Corea (no han firmado ni ratificado).
España y la Unión Europea están plenamente comprometidas con un instrumento que contribuye de forma muy valiosa a la paz y a la seguridad internacionales. Cuanto más tarde en entrar en vigor el TPCE, mayor es el peligro de erosión del entramado de No Proliferación que se ha ido generando desde la década de 1960. Su entrada en vigor es, por tanto, fundamental para seguir discutiendo y ampliando los procesos de reducción de los arsenales de las potencias nucleares.
Desde el punto de vista técnico, la Comisión Preparatoria está culminando el proceso de extensión de la red de estaciones que forman el Sistema Internacional de Vigilancia. Hasta la fecha, se han certificado alrededor del 90% de las estaciones. (Mapa del sistema internacional de vigilancia
).
La efectividad del sistema de verificación pudo comprobarse cuando la República Popular Democrática de Corea efectuó sus ensayos nucleares (2006, 2009, 2013, 2016 –dos pruebas- y 2017) . Actualmente se está otorgando una importancia creciente a la tecnología de gases nobles, que permite asegurar de forma irrefutable la naturaleza atómica de las explosiones que se hayan detectado.